古琴音乐很少有固定规律之节奏，常令初听者摸不着头脑；其实，三拍子、四拍子等现代都市人习惯之节奏形式，基本上是西方音乐近几百年来之产品，其他民族音乐，包括中国音乐，常常有用其他形式，现代西方音乐亦正尝试在这方面找寻突破。古琴音乐之节奏，也是琴曲风格特色之一。
自由拍子，又称散板，是中国戏曲和原始民歌常用之节奏，琴曲也不例外，多用于乐曲的起头和结尾，有助表达舒怀之意；琴曲也间有全曲用散板，如传统曲《龙翔操》，五分钟全用自由拍子，跟西方古典乐曲相比，别有一番风味。
有节拍的琴曲，段落与乐句之长短亦很自由，没有“每段四句、每句四小节”之老套；中国戏曲也很常用长短乐句，但节拍仍有规律，如“一板三眼”等形式，古琴曲则连节拍也变化多端，没有固定三拍子或四拍子之规律，多用切分，甚至有“偷半拍”之情况；但琴曲主要不是表达节奏感，而是得用这些变化的节奏带出乐曲跌宕写意之趣。
在乐曲整体结构方面，传统琴曲很少用近代民乐作品，常用之“慢快慢”或“快慢快”三段体；琴曲篇幅不论大小，都常用散板或慢板起曲，入拍后主体部分一气呵成，常有渐快，但很少有突变的速度；渐快的速度，配合主题自由的变奏，和不断加入的乐汇，逐渐引入高潮，最后尾声回复散板结束。
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